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Valeur prédictive des résultats des tests diagnostiques : l'exemple des tests covid-19

 Dans l'actualité  La capacité d'un test diagnostique à établir que la maladie est présente quand le test est positif dépend des performances du test en lui-même, mais aussi de la fréquence de la maladie dans le groupe de population où la personne est testée. Selon la fréquence des infections par le coronavirus Sars-CoV-2, à l'origine du covid-19, certains tests diagnostiques sont très faiblement prédictifs de la réalité de l'infection. Des informations pratiques sur les critères de performance des tests diagnostiques se trouvent dans Prescrire et son Application.

Les valeurs prédictives des résultats d'un test diagnostique mesurent la capacité à établir que la maladie est présente quand le test est positif, et absente quand le test est négatif. Elles dépendent des performances du test en lui-même, mais aussi de la fréquence de la maladie dans le groupe de population où la personne est testée. Selon la fréquence des infections par le coronavirus Sars-CoV-2, à l'origine du covid-19, certains tests diagnostiques sont très faiblement prédictifs de la réalité de l'infection. Des informations pratiques sur les critères de performance des tests diagnostiques se trouvent dans Prescrire et son Application.

Dans le cas du covid-19, l'Institut Pasteur a rendu publiques le 20 avril 2020 des estimations de fréquence de l'infection par le Sars-CoV-2 dans la population générale en France métropolitaine, région par région, au 11 mai 2020. La proportion de personnes avec des anticorps est estimée à environ 1,4 % à 1,9 % en Bretagne, en Nouvelle-Aquitaine et en Pays de la Loire, à environ 5 % à 6 % en Bourgogne-Franche-Comté, en Corse et en Hauts-de-France, et jusqu'à environ 12 % dans le Grand-Est et en Île-de-France (voir > ici).

Les performances des tests sont variables, que ce soit les tests diagnostiques de l'infection par PCR ou les tests sérologiques recherchant une immunité liée à une infection passée. Parfois leur sensibilité est médiocre, conduisant à beaucoup de faux négatifs (> ICI).

En prenant l'hypothèse de deux tests sérologiques pour le virus Sars-CoV-2, l'un de performance moyenne  avec une sensibilité de 85 % et une spécificité de 98 %, et l'autre de performance médiocre dont la sensibilité serait de 65 % et la spécificité de 90 %, on peut calculer la probabilité que le contact avec le virus soit diagnostiqué à bon escient si on connait la fréquence de la maladie.

Un exemple (parmi d’autres) peut être celui d'une personne sans symptôme notable d'une région où 2 % des habitants ont été infectés par le virus Sars-CoV-2 qui se fait tester. Si le test le plus performant est positif, la probabilité que la personne testée ait été véritablement infectée est de 45 % (valeur prédictive positive, VPP). Si le test de moindre performance est utilisé et que le résultat est positif, cette probabilité n'est que de 12 %. Autrement dit, le test est faussement positif dans 83 % des cas.

Dans les mêmes conditions de tests mais dans une région où 12 % des habitants ont été infectés, si le test le plus performant est positif, la probabilité que la personne testée ait été véritablement infectée est de 85 %. Si le test de moindre performance est positif, cette probabilité n'est que de 47 %.

Parmi les personnes qui ont eu des symptômes évocateurs de covid-19, des études ont montré qu'en pleine circulation virale, environ 25 % des cas vus par des généralistes étaient réellement liés à l'infection par le Sars-CoV-2. Dans ces conditions, chez une personne qui a eu des symptômes évocateurs de covid-19, si le test le plus performant est positif, la probabilité que la personne testée ait été véritablement infectée est de 93 %. Si le test de moindre performance est utilisé et positif, cette probabilité n'est que de 68 %.

©Prescrire 23 avril  2020

Pour aller plus loin :

  • "C'est-à-dire ? Critères de performance d'un test diagnostique (n° 436, page 131)
  • "Évaluation des examens diagnostiques. Prévalence et valeurs prédictives" (n° 298, page 633)
  • "Évaluation des examens diagnostiques. Première partie : concordance et reproductibilité" (n° 196, pages 459-462).
  • "Évaluation des examens diagnostiques. Deuxième partie : Sensibilité, spécificité et rapports de vraisemblance" (n° 197, pages 536-540)
  • "Évaluation des examens diagnostiques. Troisième partie : Prévalence et valeurs prédictives" (n° 198, pages 615-620)
  • "Lectures critiques Prescrire - B.A.-BA n° 4 : valeur prédictive positive et valeur prédictive négative" (5 pages)
  • "Mode de calcul des valeurs prédictives" (n° 122, page 501)

Voir aussi :

  • "Covid-19 : fin avril 2020, les tests diagnostiques biologiques sont nombreux mais souvent peu performants" 23 avril 2020 > ICI
  • "Covid-19 et hydroxychloroquine : incertitudes et questions qui se posent" (2 avril 2020) > ICI
  • "Covid-19 et hydroxychloroquine : prudence" (30 mars 2020) > ICI
  • "Covid-19 : porter attention aux patients prenant un médicament exposant à une immunodépression" (26 mars 2020) > ICI
  • "Covid-19 et essais de médicaments : que faire des premiers résultats d'évaluation ?" (23 mars 2020) > ICI
  • "Protéger les patients à risque de complications de covid-19 en situations de soin" (19 mars 2020) > ICI
  • "Épidémie d'infections respiratoires à coronavirus (covid-19) : quelques sources d'information" (27 février 2020) > ICI
  • "Grippe, coronavirus : principes de prévention des infections respiratoires" (4 février 2020) > ICI

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