Le méthotrexate est utilisé à faible dose en une seule prise hebdomadaire comme immunodépresseur dans diverses maladies auto-immunes telles que la polyarthrite rhumatoïde. C'est l'immunodépresseur dont l'efficacité est la mieux établie par un long recul d'utilisation dans la polyarthrite rhumatoïde, situation dans laquelle il est souvent proposé en premier choix (1à3)
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